El IMM es un instituto propio del CSIC ubicado en Tres Cantos. Junto con el IMB y IMS configuran los tres el CNM. El IMM esta constituido por dos departamentos y su estructura administrativa es similar a la de otros Institutos o Centros del CSIC, con su claustro científico y una junta de instituto constituida por el director, vicedirectora, gerente, directores de departamento y dos representantes de personal.